Türk Boğazlar sisteminin nasıl işlediğine bir bakalım:
Bundan 12 bin yıl önce bir tatlı su gölü olan Karadeniz, zamanla suların yükselmesi sonucu taşarak Boğaz üzerinden Marmara’ya akmaya başlamıştır. İstanbul Boğazı’nın Karadeniz çıkışı Marmara çıkışından 30 santimetre daha yüksektir ve her gün yaklaşık 600 milyon metreküp su üst akıntılarla Marmara’ya doğu akarken, ters yönde ilerleyen alt akıntılar bunu dengelemektedir. Uzmanların dev bir havuza benzettiği Karadeniz’in tuzluluk oranı düşüktür. Tuna, Dinyeper ve Dinyester nehirleri bu havuzu tatlı suyla dolduran, İstanbul Boğazı ise boşaltan musluklardır. Akdeniz, yazın sıcağı ve kışın rüzgarları ile sürekli su kaybederken Karadeniz’in fazla suyu boğazlardan geçerek bu eksikliği tamamlar. İstanbul Boğazı’na paralel 25 metre derinliğinde yeni bir kanal açmak, havuza giren suyu arttırmadan ikinci bir musluk açmak anlamına gelecektir. Bunun sonucunda:

1. Kanal içerisinde iki yönlü bir akıntı sistemi geliştirilemeyecek ve Karadeniz’in kirli suları Marmara’ya dolacaktır.
2. Marmara Denizi’nde bol besinli üst tabaka can çekişen alt tabakaya baskı yapacak ve oksijen hızla azalacaktır. Oksijen bitince, Kanal kapatılsa bile bir daha geri dönüş olmayacaktır.
3. Oksijensizlik kimyasal dengeleri alt üst ederek, alt tabakadaki hidrojen sülfür yoğunluğunu hızla arttıracak ve sonuç olarak İstanbul lodos estiğinde dayanılmaz bir şekilde çürük yumurta kokusuna maruz kalacaktır.
4. Zamanla Karadeniz’in de ekolojik yapısı bozulacaktır. Tuna Nehri’nin Karadeniz’i kirlettiğinden şikâyetçi olan Türkiye kendi eliyle yaptığı ikinci bir boğaz ile bu kirliliği kendi evinin içerisine, yani Marmara’ya taşınmış olacaktır. Bu durum Marmara’nın ölü bir denize dönüşmesi ile sonuçlanabilecektir.
5. İstanbul aleyhine olan Türkiye kentleşme eğilimleri daha da tetiklenecektir ve diğer kentlerden İstanbul’a olan nüfus akını daha da artacaktır.
6. Proje ilk etapta çok ciddi bir istihdam açığı eritme potası olarak görülse de projenin sabit ve üretime yönelik bir yönü olmaması nedeniyle sürekli bir istihdam sağlayamayacaktır.
7. Proje yapımı sürecinde Kuzey Anadolu fay hattının kırılması/zedelenmesi (kesilmesi) nedeniyle büyük İstanbul depreminin tetiklenmesi veya yönünün değişmesi veya büyüklüğünün ve şiddetinin artmasına neden olabilecektir.
8. Böylesi büyük bir proje ülke toprakları üzerindeki bozuk olan gayrimenkul değerlerinin daha da bozulmasına neden olacaktır.
9. Kanal genişliği dünyanın dönüş yönüne göre kayma nedeniyle artabilecektir.
   ÇED Raporu’nda belirtilen ve kabarma faktörü dikkate alınmadan hesaplanan “kazı, nakliye ve depolama” maliyetleri 11.7 milyar dolar olarak belirtilmiştir. ÇED Raporu’nda, Kanal İstanbul Projesi’nin yapım maliyeti toplamda 75 milyar lira olarak belirtilmiştir. Bu büyük bütçeyi, başta “deprem hazırlıkları” olmak üzere çok daha öncelikli konulara aktarmayıp, Kanal İstanbul gibi bir projeye aktarmak, “inat” ile açıklanacak bir durum değildir.